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Fiche pratique rédigée par Maître Réouven LELLOUCHE
Maître LELLOUCHE

Le paiement du salaire du salarié en arrêt de travail

Travail / Maladie / Par Maître LELLOUCHE, Avocat, Publié le 24/05/2026 à 13h14
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Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail ou en congé pour maternité, paternité ou adoption, il ne perçoit plus son salaire habituel, mais peut bénéficier d'indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) versées par la caisse primaire d'assurance maladie (CPAM). Ces indemnités compensent seulement une partie de la perte de rémunération. Parallèlement, l'employeur peut être tenu de maintenir tout ou partie du salaire, en application de la loi, d'un accord collectif, du contrat de travail ou d'un usage interne.

Dans ce contexte, la subrogation permet parfois à l'employeur de percevoir directement les IJSS à la place du salarié, afin de lui garantir un revenu continu sans attendre le traitement du dossier par la CPAM. Ce mécanisme, qui ne concerne que les prestations versées par les CPAM, peut sembler technique alors qu'il a des conséquences très concrètes sur la paie, la trésorerie de l'entreprise et les droits du salarié.

Avant de mettre en place ou de modifier un dispositif de maintien de salaire, il peut être utile de vérifier précisément les textes applicables et les effets concrets de la subrogation.

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Travail : relation employeur-salarié de droit privé (contrat, exécution et rupture), salaires, sanctions, prud'hommes, discrimination, harcèlement.

Votre demande concerne une relation employeur-salarié et ses conséquences : contrat de travail (CDI, CDD, intérim, stage), exécution du contrat (salaires/primes, heures supplémentaires, congés payés, clauses de mobilité ou de non-concurrence) ou modification des conditions de travail.

Elle peut aussi porter sur la rupture (licenciement pour faute/économique/motif personnel, démission, rupture conventionnelle), des sanctions disciplinaires, la discrimination, le harcèlement moral ou sexuel, le règlement intérieur, les représentants du personnel/syndicats, l'intéressement/participation/épargne salariale, l'accident du travail, et éventuellement le pénal du travail (santé-sécurité, travail dissimulé, entrave, prêt illicite de main-d'oeuvre, etc.).

Séjour/nationalité : titre de séjour, visa, asile, OQTF, régularisation, renouvellement, naturalisation, travail, rétention, expulsion.

Votre demande relève du droit des étrangers (séjour ou nationalité) : naturalisation, titre de séjour/carte de résident, visa, changement de statut, autorisation de travail, asile, regroupement familial.

Elle peut aussi concerner une mesure d'éloignement/contrôle (OQTF, reconduite à la frontière, interdiction de retour, interdiction du territoire, expulsion, zone d'attente, rétention) et les démarches/recours associés.

Pénal : victime, suspect(e), mis(e) en cause ou condamné(e) (plainte, audition, garde à vue, jugement, appel, recours, partie civile).

Vous êtes victime, suspect(e)/mis(e) en cause ou condamné(e) dans une affaire pénale : plainte, convocation, audition, garde à vue, enquête ou instruction.

La procédure peut passer par une alternative (médiation, composition pénale), une CRPC ou une comparution immédiate, puis un jugement devant le tribunal de police, le tribunal correctionnel ou la cour d'assises, avec constitution de partie civile possible et recours (appel, cassation). Le sujet peut aussi inclure les infractions routières/permis et l'exécution/aménagement de peine.

Litige administratif : contester une décision d'une administration ou d'un établissement public (refus, sanction, absence de réponse...).

Votre situation oppose une administration ou un établissement public et vous souhaitez contester une décision (refus, retrait, sanction, autorisation) ou l'absence de réponse de l'administration.

Le dossier relève d'un recours administratif et, le cas échéant, du tribunal administratif, notamment en marchés publics, responsabilité de l'administration, élections et collectivités, fonction publique, urbanisme, droit des étrangers.

Sécurité sociale / CPAM / CAF / MSA / URSSAF : litige sur des prestations (AT-MP, refus, trop-perçu, taux), cotisations ou contrôle.

Vous contestez une décision d'un organisme social ou un dossier de protection sociale (CPAM/CAF/MSA, URSSAF).

Le sujet peut concerner l'accident du travail/maladie professionnelle (AT/MP), la faute inexcusable de l'employeur, l'invalidité/handicap, les congés parentaux, la retraite, le chômage, les prestations, ou les cotisations et les contrôles sociaux.

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Particulier employeur

Choisissez cette réponse si l'employeur est une personne physique employant directement un salarié. Exemple : emploi à domicile, garde d'enfant, assistance de vie.

Administration publique

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Licenciement économique

Cela signifie que l'employeur justifie la rupture par la situation de l'entreprise ou une réorganisation. Exemple : votre poste est supprimé parce que l'activité baisse.

Licenciement pour motif personnel

Cela signifie que la rupture est liée à votre situation ou à votre comportement, sans être forcément présentée comme une faute disciplinaire. Exemple : l'employeur estime que vous n'êtes plus adapté au poste.

Licenciement pour faute

Cela signifie que l'employeur vous reproche un comportement ou un manquement qu'il estime suffisamment grave pour rompre le contrat. Exemple : absences non justifiées ou non-respect d'instructions importantes.

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Faute simple

Il s'agit d'un reproche sérieux, mais pas au point de rendre impossible votre maintien immédiat dans l'entreprise. Exemple : un manquement répété aux consignes.

Faute grave

Il s'agit d'un reproche que l'employeur considère comme très sérieux, au point de ne pas pouvoir vous garder dans l'entreprise pendant le préavis. Exemple : refus répété d'exécuter le travail ou incident grave.

Faute lourde

Il s'agit d'un reproche encore plus grave, avec l'idée que le salarié aurait voulu nuire à l'employeur. Exemple : destruction volontaire de matériel pour faire du tort à l'entreprise.

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I. Les principes du maintien de salaire et des IJSS

En cas d'arrêt de travail, le salarié peut percevoir des IJSS à condition de remplir certains critères d'activité ou de cotisations sur une période de référence. Ces indemnités sont versées après un éventuel délai de carence et sont en principe égales à une fraction du salaire journalier de base, dans la limite d'un plafond fixé par la réglementation.

Parallèlement, le Code du travail impose à l'employeur de verser une indemnité complémentaire à certains salariés malades ou accidentés, sous réserve de conditions d'ancienneté, de justification de l'arrêt et de prise en charge par la sécurité sociale.

Cette indemnisation légale peut être complétée par des dispositions conventionnelles ou contractuelles plus favorables (par exemple un maintien en brut, en net, dès le premier jour ou pendant une durée plus longue). Le cumul entre IJSS et compléments de salaire doit être organisé avec soin pour éviter à la fois une perte de revenus pour le salarié et des versements indus susceptibles de générer des régularisations ultérieures.

Pour chaque arrêt, identifier clairement les droits légaux, conventionnels et contractuels du salarié est une étape clé pour calculer correctement le maintien de salaire.

II. Le rôle et les limites de la subrogation

La subrogation consiste à autoriser l'employeur à percevoir les IJSS à la place du salarié, dans la limite des sommes qu'il a lui-même versées au titre du maintien de salaire. Elle est de plein droit lorsque le salaire est maintenu en totalité, ou lorsque le maintien (total ou partiel) est au moins égal au montant des IJSS, sous certaines conditions prévues par le Code de la sécurité sociale.

Dans les autres situations, elle suppose en principe l'accord exprès du salarié et une déclaration correcte dans la déclaration sociale nominative (DSN), ce qui appelle une vigilance pratique. L'employeur ne peut pas conserver un montant d'IJSS supérieur au salaire maintenu et doit reverser le surplus au salarié, le cas échéant.

À l'inverse, lorsqu'il n'est pas (ou plus) subrogé, l'employeur qui a avancé des sommes correspondant aux IJSS peut, dans certains cas, en demander le remboursement au salarié. Le bon usage de la subrogation suppose donc un suivi précis des IJSS, des périodes d'absence et des reprises d'activité, notamment pour éviter des indus et des sanctions financières.

Avant d'activer ou de renoncer à la subrogation, il peut être prudent de vérifier que le niveau de maintien de salaire, les déclarations à la caisse et les modalités de paie sont bien cohérents entre eux.

Fiche pratique rédigée par Maître Réouven LELLOUCHE
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