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Fiche pratique rédigée par Maître Réouven LELLOUCHE
Maître LELLOUCHE

Le paiement du salaire du salarié en arrêt de travail

Travail / Maladie / Par Maître LELLOUCHE, Avocat, Publié le 24/05/2026 à 13h14
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Lorsqu'un salarié est en arrêt de travail ou en congé pour maternité, paternité ou adoption, il ne perçoit plus son salaire habituel, mais peut bénéficier d'indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) versées par la caisse primaire d'assurance maladie (CPAM). Ces indemnités compensent seulement une partie de la perte de rémunération. Parallèlement, l'employeur peut être tenu de maintenir tout ou partie du salaire, en application de la loi, d'un accord collectif, du contrat de travail ou d'un usage interne.

Dans ce contexte, la subrogation permet parfois à l'employeur de percevoir directement les IJSS à la place du salarié, afin de lui garantir un revenu continu sans attendre le traitement du dossier par la CPAM. Ce mécanisme, qui ne concerne que les prestations versées par les CPAM, peut sembler technique alors qu'il a des conséquences très concrètes sur la paie, la trésorerie de l'entreprise et les droits du salarié.

Avant de mettre en place ou de modifier un dispositif de maintien de salaire, il peut être utile de vérifier précisément les textes applicables et les effets concrets de la subrogation.

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I. Les principes du maintien de salaire et des IJSS

En cas d'arrêt de travail, le salarié peut percevoir des IJSS à condition de remplir certains critères d'activité ou de cotisations sur une période de référence. Ces indemnités sont versées après un éventuel délai de carence et sont en principe égales à une fraction du salaire journalier de base, dans la limite d'un plafond fixé par la réglementation.

Parallèlement, le Code du travail impose à l'employeur de verser une indemnité complémentaire à certains salariés malades ou accidentés, sous réserve de conditions d'ancienneté, de justification de l'arrêt et de prise en charge par la sécurité sociale.

Cette indemnisation légale peut être complétée par des dispositions conventionnelles ou contractuelles plus favorables (par exemple un maintien en brut, en net, dès le premier jour ou pendant une durée plus longue). Le cumul entre IJSS et compléments de salaire doit être organisé avec soin pour éviter à la fois une perte de revenus pour le salarié et des versements indus susceptibles de générer des régularisations ultérieures.

Pour chaque arrêt, identifier clairement les droits légaux, conventionnels et contractuels du salarié est une étape clé pour calculer correctement le maintien de salaire.

II. Le rôle et les limites de la subrogation

La subrogation consiste à autoriser l'employeur à percevoir les IJSS à la place du salarié, dans la limite des sommes qu'il a lui-même versées au titre du maintien de salaire. Elle est de plein droit lorsque le salaire est maintenu en totalité, ou lorsque le maintien (total ou partiel) est au moins égal au montant des IJSS, sous certaines conditions prévues par le Code de la sécurité sociale.

Dans les autres situations, elle suppose en principe l'accord exprès du salarié et une déclaration correcte dans la déclaration sociale nominative (DSN), ce qui appelle une vigilance pratique. L'employeur ne peut pas conserver un montant d'IJSS supérieur au salaire maintenu et doit reverser le surplus au salarié, le cas échéant.

À l'inverse, lorsqu'il n'est pas (ou plus) subrogé, l'employeur qui a avancé des sommes correspondant aux IJSS peut, dans certains cas, en demander le remboursement au salarié. Le bon usage de la subrogation suppose donc un suivi précis des IJSS, des périodes d'absence et des reprises d'activité, notamment pour éviter des indus et des sanctions financières.

Avant d'activer ou de renoncer à la subrogation, il peut être prudent de vérifier que le niveau de maintien de salaire, les déclarations à la caisse et les modalités de paie sont bien cohérents entre eux.

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