Bonjour,
En premier lieu si vos demandes de congés ont été acceptées puis refusées, vous pouvez demander à être indemnisé par votre employeur si vous rapportez la preuve de cette acceptation puis de son retrait moins de 1 mois avant la date de départ. C'est votre employeur qui est en tort, donc ne partez pas en congés, ne lui donnez pas l'occasion de vous reprocher les circonstances de votre départ en congés.
Concernant le salaire convenu, j'imagine que vous avez signé votre contrat de travail mentionnant la prime, de sorte qu'il semble difficile de contester aujourd'hui quelque chose que vous avez signé (d'autant que vous mentionnez les échanges tenus lors d'un entretien, donc a priori sans écrit).
Ensuite, concernant un licenciement pour insuffisance professionnelle, pour qu'un tel licenciement soit considéré comme fondé, il est nécessaire de respecter certaines conditions posées par les juges et de démontrer que l'employeur a accompagné le salarié pour dépasser les difficultés rencontrées et que celles-ci ont persisté malgré tout l'accompagnement apporté.
Enfin, hors cas de faute grave, une salariée enceinte bénéficie de la protection contre le licenciement à condition d'adresser à l'employeur un certificat médical de grossesse (remise contre récépissé ou LRAR) au plus tard dans les 15 jours suivant la notification du licenciement.
Donc, il semble difficile de vous licencier pour insuffisance professionnelle compte tenu de votre état.