Bonjour
Votre situation se décompose en deux volets : la gestion du mi-temps thérapeutique et le droit aux congés payés.
Sur le mi-temps thérapeutique
Votre employeur doit respecter les préconisations du médecin du travail. Les horaires doivent être adaptés conformément à l'avis médical (par exemple 50 %, puis 60 %). Vous ne devez pas être utilisée uniquement pour « boucher des trous » si cela n'est pas compatible avec les prescriptions. Vous pouvez demander une révision auprès du médecin du travail si le planning ne correspond pas à son avis.
Sur les congés payés
En principe, l'employeur fixe les dates de congés (article L.3141-16 du Code du travail), mais il doit tenir compte de la situation familiale (ex. conjoint enseignant, enfants scolarisés).
Concernant les congés acquis :
Les congés non pris en raison d'un arrêt maladie ne sont pas perdus, ils doivent être reportés. Ce droit est reconnu par la CJUE et par la Cour de cassation (Cass. soc., 24 févr. 2009, n° 07-4448

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Toutefois, depuis la jurisprudence Cass. soc., 13 juin 2012, n° 11-10.929, ce report n'est pas illimité : ils doivent être pris dans les 15 mois suivant la reprise.
Pour les congés de la nouvelle période de référence, ils doivent être posés et pris dans la période légale (jusqu'à mai 2026 selon le cas), l'employeur ne peut pas imposer que tout soit soldé immédiatement.
En résumé :
Votre employeur doit tenir compte de votre situation familiale pour fixer vos dates.
Vos congés non pris pour cause d'arrêt doivent être reportés, mais uniquement dans la limite de 15 mois après votre reprise.
Les nouveaux congés pourront être posés dans la période de référence en cours.